Ici, les maisons sont étonnamment vivantes.
Voici une de nos Matoutou (on en a au moins deux) :
lundi 29 octobre 2007
Une de mes collocs.
Ici, les maisons sont étonnamment vivantes.
Voici une de nos Matoutou (on en a au moins deux) :
mardi 23 octobre 2007
Résultat de l'analyse des rameaux ; pourra t'on en faire quelque chose ?
Bon, il me fallait de toute façon ces données pour les utiliser lorsque j'analyserai les résultats des dosages du 13C. En outre, cela permettait de jeter un oeil plus affuté sur cette histoire d'UC chez Qualea. A l'oeil nu, on ne voyait pas grand chose. Peut être que l'ordi lui s'en sortira mieux ; regardons s'il y a une cohérence entre les deux marqueurs d'UC utilisés par Sanoja.
Et puis bon, puisque j'avais passé pas mal de temps à mettre en place un système de mesure rapide, autant essayer de le rentabiliser au maximum : mon maitre de stage a eu l'idée de l'utiliser pour voir s'il y a une bonne corrélation en général entre l'aire d'une feuilles, et la longueur de l'entre-noeuds qui la précède. L'idéal étant qu'elle soit suffisamment bonne pour qu'on ait pas à mesurer l'aire des feuilles, et qu'on puisse utiliser ces longueur à la place.
Voyons donc cela...
Bon, bah ça a l'air de coller un peu...
Mais bon, le coefficient de correllation n'est pas terrible ; 0,54... peut mieux faire.
Un autre rameau ?
Ah, voilà qui est mieux ! 0,84...mais ce n'est pas encore bien extra-ordinaire.
Encore un autre rameau...
Là, c'est carrément la cata : rien du tout.
Au bilan, une floppée de rameaux chez lesquel il y a une corrélation "bof" ; du 0,5, du 0,7 , parfois 0,8. Et une poignée de rameaux chez lesquel il n'y a vraiment rien.
Et si je regarde l'ensemble des rameaux ?
0,416 Pas grand chose donc ; c'est encore plus proche de 0 que de 1...
Conclusion : pour le modèle statistique qui aurait permit de mesurer les longueurs d'entre-noeuds au lieu des aires de feuilles, c'est rapé. Et j'en ai confirmation : sur reggression simple, je trouve un R de 40%, ce qui signifie que les longueurs d'entre-noeuds ne permettent d'expliquer que 40% de la variabilité des aires de feuilles. Ce n'est pas rien, mais ce n'est pas suffisant pour déboucher sur une application.
Et cela s'explique en fait ; si je vire de l'étude toutes les variations extrèmes d'aire de feuilles et de longueur d'entre-noeuds qui marquent probablement des arrêts de croissance (limite d'UC et cie), je n'explique plus rien de la variabilité des aires de feuilles à l'aide des longueurs d'entre-noeuds.
Ce qui signifie que ce n'est pas parcequ'un entre-noeuds est court que la feuille associée sera petite. Par contre, lorsqu'il y a une limite d'UC, un accident quelconque (mort d'apex par exemple, lorsque le bourgeon terminal, qui fabrique la tige, meurt, et que c'est un autre bourgeon qui reprends le relai) effectivement, on a tendance à trouver un entre-noeud plus court, et une feuille plus petite.
Mais même en sachant cela, c'est un retour à la case départ : on ne distingue pas clairement d'association cohérente entre longueurs d'entre-noeuds et aire de feuille, rien qui permette de trouver à coups sûr des UC.
On aura donc du mal à dater nos feuilles.
Dommage ; cela aurait été pratique : comme le but de la manip est d'étudier la variation saisonnière du deltaC13, on aurait pu analyser uniquement des séries de feuilles formées dans l'année.
Là, on se retrouve obligé de prendre des séries de 10 feuilles sans même savoir si elles n'ont pas été formées durant la même saison, ou sur plusieurs années...
On ne le saura qu'après coups, quand les analyses deltaC13 auront déjà été payé (et c'est pas donné...6 à 7 euros par échantillon).
Pour le Virola, le bilan est grosso-modo le même : pas de corrélation forte entre longueurs d'entre-noeuds et aire de feuilles, et les longueurs d'entre-noeuds ne sont pas un bon marqueur d'UC.
Par contre, les aires de feuilles elles sont un bon marqueur d'UC, et peuvent permettre un diagnostic sur le terrain.
On a donc pas tout perdu ; ça au moins, c'est confirmé : on saura dater relativement nos feuilles de Virola.
Un des points amusants en Science, c'est qu'on a de toute façon jamais perdu : on teste des hypothèses. Que l'hypothèse testée soit confirmée ou infirmée, on a de toute façon appris quelque chose.
Mais cette chose peut ou non déboucher sur une application...
En l'occurence, c'est rapé.
Bon, c'est finalement pas une grande surprise ; cela peut s'expliquer. Si je vire les variations extrèmes d'aire de feuilles qui sont susceptible de marcher des UC,
Et puis bon, puisque j'avais passé pas mal de temps à mettre en place un système de mesure rapide, autant essayer de le rentabiliser au maximum : mon maitre de stage a eu l'idée de l'utiliser pour voir s'il y a une bonne corrélation en général entre l'aire d'une feuilles, et la longueur de l'entre-noeuds qui la précède. L'idéal étant qu'elle soit suffisamment bonne pour qu'on ait pas à mesurer l'aire des feuilles, et qu'on puisse utiliser ces longueur à la place.
Voyons donc cela...
Bon, bah ça a l'air de coller un peu...
Mais bon, le coefficient de correllation n'est pas terrible ; 0,54... peut mieux faire.
Un autre rameau ?
Ah, voilà qui est mieux ! 0,84...mais ce n'est pas encore bien extra-ordinaire.
Encore un autre rameau...
Là, c'est carrément la cata : rien du tout.
Au bilan, une floppée de rameaux chez lesquel il y a une corrélation "bof" ; du 0,5, du 0,7 , parfois 0,8. Et une poignée de rameaux chez lesquel il n'y a vraiment rien.
Et si je regarde l'ensemble des rameaux ?
0,416 Pas grand chose donc ; c'est encore plus proche de 0 que de 1...
Conclusion : pour le modèle statistique qui aurait permit de mesurer les longueurs d'entre-noeuds au lieu des aires de feuilles, c'est rapé. Et j'en ai confirmation : sur reggression simple, je trouve un R de 40%, ce qui signifie que les longueurs d'entre-noeuds ne permettent d'expliquer que 40% de la variabilité des aires de feuilles. Ce n'est pas rien, mais ce n'est pas suffisant pour déboucher sur une application.
Et cela s'explique en fait ; si je vire de l'étude toutes les variations extrèmes d'aire de feuilles et de longueur d'entre-noeuds qui marquent probablement des arrêts de croissance (limite d'UC et cie), je n'explique plus rien de la variabilité des aires de feuilles à l'aide des longueurs d'entre-noeuds.
Ce qui signifie que ce n'est pas parcequ'un entre-noeuds est court que la feuille associée sera petite. Par contre, lorsqu'il y a une limite d'UC, un accident quelconque (mort d'apex par exemple, lorsque le bourgeon terminal, qui fabrique la tige, meurt, et que c'est un autre bourgeon qui reprends le relai) effectivement, on a tendance à trouver un entre-noeud plus court, et une feuille plus petite.
Mais même en sachant cela, c'est un retour à la case départ : on ne distingue pas clairement d'association cohérente entre longueurs d'entre-noeuds et aire de feuille, rien qui permette de trouver à coups sûr des UC.
On aura donc du mal à dater nos feuilles.
Dommage ; cela aurait été pratique : comme le but de la manip est d'étudier la variation saisonnière du deltaC13, on aurait pu analyser uniquement des séries de feuilles formées dans l'année.
Là, on se retrouve obligé de prendre des séries de 10 feuilles sans même savoir si elles n'ont pas été formées durant la même saison, ou sur plusieurs années...
On ne le saura qu'après coups, quand les analyses deltaC13 auront déjà été payé (et c'est pas donné...6 à 7 euros par échantillon).
Pour le Virola, le bilan est grosso-modo le même : pas de corrélation forte entre longueurs d'entre-noeuds et aire de feuilles, et les longueurs d'entre-noeuds ne sont pas un bon marqueur d'UC.
Par contre, les aires de feuilles elles sont un bon marqueur d'UC, et peuvent permettre un diagnostic sur le terrain.
On a donc pas tout perdu ; ça au moins, c'est confirmé : on saura dater relativement nos feuilles de Virola.
Un des points amusants en Science, c'est qu'on a de toute façon jamais perdu : on teste des hypothèses. Que l'hypothèse testée soit confirmée ou infirmée, on a de toute façon appris quelque chose.
Mais cette chose peut ou non déboucher sur une application...
En l'occurence, c'est rapé.
Bon, c'est finalement pas une grande surprise ; cela peut s'expliquer. Si je vire les variations extrèmes d'aire de feuilles qui sont susceptible de marcher des UC,
suite : rameaux de Qualea Rosea
Même topo, mais petite nuance : le Gonfolo Rose ou Qualea Rosea a des feuilles opposées, ce qui change un peu la structure du programme qui doit s'y adapter en voyant automatiquement si la disposition des feuilles est opposée ou alterne etc...
donc petites photos :
Le programme cherche les pétioles, et la tige.
Voilà qui est fait ; il a alors pu calculer l'aire des feuilles.
Et voici les pétioles.
Et voilà le travail !
donc petites photos :
voilà donc le rameau...
Il va falloir un petit seuillage pour le distinguer du fond.
Voilà, comme ça.
Le programme cherche les pétioles, et la tige.
Voilà qui est fait ; il a alors pu calculer l'aire des feuilles.
Et voici les pétioles.
On les regroupe deux par deux pour repérer les noeuds.
Et voilà le travail !Bilan de l'opération : manuellement, 12 à 25 minutes de mesures par rameau, sans mesurer l'aire des feuilles (seulement leur longueur et leur largeur). Par informatique : 5mn de photo, 1 mn de traitement.
Tout bénef ! ... sauf pour moi, puisque j'ai passé je ne sais combien d'heures à écrire le programme en question et à le débugguer...
lundi 22 octobre 2007
Septembre.
Toutes les petites manips de semptembre...
D'abord, il fallait prélever des feuilles d'individus de 3 espèces (Virola Mickaelii, Qualea Rosea et Eperua Grandifolia) d'arbres pour mesurer leur "deltaC13".
Etant un peu feignant, je vous copie une partie d'un petit récapitulatif, en virant les formules et tout ce qui rentre un peu trop dans le détail :
Le delta C13 résulte d’un équilibre entre l’action de la rubisco qui le discrimine et qui si elle était seule en jeux le fixerait aux alentours de 29‰, et la diffusion du carbone 13 qui si elle était seule limitante fixerait le delta C13 à 4,4‰.
Sa valeur nous renseigne donc sur le caractère limitant de la diffusion du carbone 13, et est ainsi corrélée au WUE qui est défini comme le ratio du taux d’assimilation de CO2 par aire foliaire (A) sur la conductance stomacale pour la vapeur d’eau (gs). Le WUE est utilisé pour rendre compte de l’efficience d’utilisation de l’eau d’une plante.
Cette mesure est réalisée par spectrographie de masse en phase gazeuse d’1mg de feuilles de lumière séchées à 70°C pendant 48h au moins et broyées à 50µm.
Il existe un gradient local de carbone 13, et la composition isotopique de l’air est variable dans le temps. Aussi les hypothèses faites peuvent être sujet à caution ; la signature isotopique des feuilles pourrait dépendre de variables environnementales contrôlables, notamment de l’exposition des feuilles prélevées, et de leur date de mise en place.
On n’échantillonne uniquement des individus à l’ombre, de CP=1 (indice de Dawkins ; 1, c'est pour des arbres complètement sous couverts, qui ne recoivent pas de lumière directe) pour limiter l’effet d’éclairement ; on contrôlera a posteriori l’équivalence de l’exposition entre rameaux prélevés en s’assurant que la variabilité intra série du LMA est supérieure à la variabilité inter série ; les rameaux sont prélevés à hauteur constante sur individus de même taille poussant hors bas-fond.
On échantillonne le long de séries foliaires (âge relatif sur un axe connu)
Pour chaque série on estime une variabilité intra UC et inter UC pour tester l’effet UC
On note systématiquement le rang d’insertion des feuilles prélevées (numérotation basipète). On décrit chaque rameau (longueur des e.n., limite probable d’uc le cas échéant) et les informations de base du plant sur le quel le rameau est prélevé seront notées (position, hauteur, nombre de rameaux/points en croissance, nombre d’étages le cas échéant).
Donc, me voilà en vadrouille pour trouver des rameaux d'individus de ces trois espèces, uniquement à l'ombre, pas dans un bas-fond, sinon pour la variabilité saisonnière c'est fichu (il aurait les pieds dans l'eau toute l'année) donc plutôt en plateau, sur sol sableux...
Il doit avoir un nombre minimum d'UC.
Une unité de croissance est un ensemble de longueur de tige, de feuilles etc... mis en place en une seule fois. Entre deux UC, il y a un arrêt de croissance plus ou moins matérialisé par une cicatrice, un entre-noeuds plus court, une petite paire de feuilles etc...etc...
C'est important, car l'intérêt de prendre plusieurs feuilles dans une même UC est faible si elle est mise en place en une fois par exemple.
Et surtout : hors parcelle, car il est hors de question d'aller massacrerdes jeunes arbres sur les parcelles étudiées... Ca, bien entendu, ça implique d'aller vadrouiller hors des layons...
Donc bis repetita, me voilà en vadrouille à la recherche de trucs quand même plutôt discrêts, que je dois mesurer avant de leur prélever un rameau que je ramène a la maison pour analyse. Peu accompagné bien entendu : c'est les vacances, a part les stagiaires, il n'y a plus grand monde au labo.
C'est l'occasion de faire des rencontres.
Des agoutis, quelques piafs, un serpent corail sur lequel j'ai manqué de marcher, un grage énorme (un serpent également)... autant d'animaux qu'on ne voit pas, ou peu quant on est trop nombreux.
Voilà donc que j'ai ramené mes rameaux, il reste à mesurer scrupuleusement toutes les longueurs d'entre noeuds, les longueurs, largeur, aire de feuilles...
La barbe... répétitif au possible, usant...chiant. Un vrai travail de stagiaire.
Mais j'ai un appareil photo, un trépied, un grand carton...je vais acheter des épingles colorés, du papier millimétré...et je vais faire de la photométrie !
C'est vrai après tout, tellement de choses à mesurer à la suite...alors que sur une photo bien faite, on peut tout faire d'un coups !!
Voilà donc le dispositif :
D'abord, il fallait prélever des feuilles d'individus de 3 espèces (Virola Mickaelii, Qualea Rosea et Eperua Grandifolia) d'arbres pour mesurer leur "deltaC13".
Etant un peu feignant, je vous copie une partie d'un petit récapitulatif, en virant les formules et tout ce qui rentre un peu trop dans le détail :
Le delta C13 résulte d’un équilibre entre l’action de la rubisco qui le discrimine et qui si elle était seule en jeux le fixerait aux alentours de 29‰, et la diffusion du carbone 13 qui si elle était seule limitante fixerait le delta C13 à 4,4‰.
Sa valeur nous renseigne donc sur le caractère limitant de la diffusion du carbone 13, et est ainsi corrélée au WUE qui est défini comme le ratio du taux d’assimilation de CO2 par aire foliaire (A) sur la conductance stomacale pour la vapeur d’eau (gs). Le WUE est utilisé pour rendre compte de l’efficience d’utilisation de l’eau d’une plante.
Cette mesure est réalisée par spectrographie de masse en phase gazeuse d’1mg de feuilles de lumière séchées à 70°C pendant 48h au moins et broyées à 50µm.
Il existe un gradient local de carbone 13, et la composition isotopique de l’air est variable dans le temps. Aussi les hypothèses faites peuvent être sujet à caution ; la signature isotopique des feuilles pourrait dépendre de variables environnementales contrôlables, notamment de l’exposition des feuilles prélevées, et de leur date de mise en place.
On n’échantillonne uniquement des individus à l’ombre, de CP=1 (indice de Dawkins ; 1, c'est pour des arbres complètement sous couverts, qui ne recoivent pas de lumière directe) pour limiter l’effet d’éclairement ; on contrôlera a posteriori l’équivalence de l’exposition entre rameaux prélevés en s’assurant que la variabilité intra série du LMA est supérieure à la variabilité inter série ; les rameaux sont prélevés à hauteur constante sur individus de même taille poussant hors bas-fond.
On échantillonne le long de séries foliaires (âge relatif sur un axe connu)
Pour chaque série on estime une variabilité intra UC et inter UC pour tester l’effet UC
On note systématiquement le rang d’insertion des feuilles prélevées (numérotation basipète). On décrit chaque rameau (longueur des e.n., limite probable d’uc le cas échéant) et les informations de base du plant sur le quel le rameau est prélevé seront notées (position, hauteur, nombre de rameaux/points en croissance, nombre d’étages le cas échéant).
Donc, me voilà en vadrouille pour trouver des rameaux d'individus de ces trois espèces, uniquement à l'ombre, pas dans un bas-fond, sinon pour la variabilité saisonnière c'est fichu (il aurait les pieds dans l'eau toute l'année) donc plutôt en plateau, sur sol sableux...
Il doit avoir un nombre minimum d'UC.
Une unité de croissance est un ensemble de longueur de tige, de feuilles etc... mis en place en une seule fois. Entre deux UC, il y a un arrêt de croissance plus ou moins matérialisé par une cicatrice, un entre-noeuds plus court, une petite paire de feuilles etc...etc...
C'est important, car l'intérêt de prendre plusieurs feuilles dans une même UC est faible si elle est mise en place en une fois par exemple.
Et surtout : hors parcelle, car il est hors de question d'aller massacrerdes jeunes arbres sur les parcelles étudiées... Ca, bien entendu, ça implique d'aller vadrouiller hors des layons...
Donc bis repetita, me voilà en vadrouille à la recherche de trucs quand même plutôt discrêts, que je dois mesurer avant de leur prélever un rameau que je ramène a la maison pour analyse. Peu accompagné bien entendu : c'est les vacances, a part les stagiaires, il n'y a plus grand monde au labo.
C'est l'occasion de faire des rencontres.
Des agoutis, quelques piafs, un serpent corail sur lequel j'ai manqué de marcher, un grage énorme (un serpent également)... autant d'animaux qu'on ne voit pas, ou peu quant on est trop nombreux.
Voilà donc que j'ai ramené mes rameaux, il reste à mesurer scrupuleusement toutes les longueurs d'entre noeuds, les longueurs, largeur, aire de feuilles...
La barbe... répétitif au possible, usant...chiant. Un vrai travail de stagiaire.
Mais j'ai un appareil photo, un trépied, un grand carton...je vais acheter des épingles colorés, du papier millimétré...et je vais faire de la photométrie !
C'est vrai après tout, tellement de choses à mesurer à la suite...alors que sur une photo bien faite, on peut tout faire d'un coups !!
Voilà donc le dispositif :
Les épingles vertes tiennent la tige et les feuilles tendus, les épingles rouges marquent une cicatrice foliaire, et les épingles jaunes sont espacées de 5cm et permettent de remettre le tout à l'échelle en tenant compte de la déformation lié à la photo.
Ensuite, il a fallu écrire un petit programme pour traiter ces images, un programme qui isole les feuilles, les classe et mesure leur aire, trouve les noeuds, et mesure les aires d'entres-noeuds, et rassemble le tout...
Une fois tout cet effort fait, mon maitre de stage a décidé d'en profiter pour voir s'il y a une corrélation entre différents marqueurs d'UC chez Qualea : la longueur des entre-noeuds, et l'aide des feuilles. En plus de nous permettre de repérer avec précision les UC, cela aurait pu servir de base à un modèle calculant l'aire foliaire à partir des longueurs d'entre-noeuds...plus besoin de mesurer les feuilles sur le terrain (ce qui est très fastidieux), une simple mesure de longueur aurait suffit !
Voilà donc les sorties graphiques : sur Virola d'abord ;
Il faut dans un premier temps seuiller l'image. Pas très compliqué... Le programme rebouche les trous des feuilles etc...
Et voilà ; le programme a maintenant extrait le rameau du fond, et l'a redéformé en tenant compte des marqueurs jaunes.
Hop, il a trouvé les pétioles...et quelques parasites qu'il va supprimer.
Voilà les feuilles, et leur aire.
Le rameau...
Le rameau, et ses noeuds...
Le rameau, ses noeuds, et ses longueurs d'entre-noeuds !
Prochainement, le même traitement sur le Qualea Rosea, avec une petite subtilité supplémentaire ; Qualea a des feuilles opposées et non alternes comme Virola...
Et ensuite, les résultats de l'analyse...
Suspense ; les marqueurs d'UC proposés par Sanoja sont-ils bien nets sur ces rameaux de jeunes Qualea ? sont-ils visibles, et cohérents ? Peut-on déduire les surfaces foliaires des longueurs d'entre-noueds ???
lundi 15 octobre 2007
Un des layons de Paracou
Petite vidéo pas très belle, mais je ferais pas mieux ; le layon de sortie d'une parcelle de Paracou avec l'appareil photo en frontale :
mercredi 3 octobre 2007
Charlot.
Voici un des locataires du camps de Paracou ; Charlot.
C'est un atèle, ou singe araignée ainsi nommé parcequ'il utilise sa queue comme un 5ième bras.
Il a été recueilli par Pascal Petronelli, botaniste du CIRAD qui vit à Paracou alors qu'il avait quelques mois, sa mère ayant été tuée par des chasseurs.
Il vit depuis sur le camps de Paracou, dans une cage où il a l'air de rentrer également quant il en a envie et dont il a l'air de sortir un peu quant il veut.
Pour le plus grand amusement des visiteurs.
Et le désespoir de ceux qui le cotoyent un peu plus longtemps vu sa tendance à toucher à tout, à pisser partout, et son habilité en matière de vol de nourriture. C'est bien simple ; quant il est là, tout ce qui n'est pas sous nos yeux doit être enfermé...
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