Gabriel en Césure

Une de mes collocs.

2007-10-29T15:56:00.000-05:00

Ici, les maisons sont étonnamment vivantes.

Voici une de nos Matoutou (on en a au moins deux) :

Résultat de l'analyse des rameaux ; pourra t'on en faire quelque chose ?

2007-10-23T14:39:00.001-04:00

Bon, il me fallait de toute façon ces données pour les utiliser lorsque j'analyserai les résultats des dosages du 13C. En outre, cela permettait de jeter un oeil plus affuté sur cette histoire d'UC chez Qualea. A l'oeil nu, on ne voyait pas grand chose. Peut être que l'ordi lui s'en sortira mieux ; regardons s'il y a une cohérence entre les deux marqueurs d'UC utilisés par Sanoja.
Et puis bon, puisque j'avais passé pas mal de temps à mettre en place un système de mesure rapide, autant essayer de le rentabiliser au maximum : mon maitre de stage a eu l'idée de l'utiliser pour voir s'il y a une bonne corrélation en général entre l'aire d'une feuilles, et la longueur de l'entre-noeuds qui la précède. L'idéal étant qu'elle soit suffisamment bonne pour qu'on ait pas à mesurer l'aire des feuilles, et qu'on puisse utiliser ces longueur à la place.

Voyons donc cela...

Bon, bah ça a l'air de coller un peu...
Mais bon, le coefficient de correllation n'est pas terrible ; 0,54... peut mieux faire.
Un autre rameau ?

Ah, voilà qui est mieux ! 0,84...mais ce n'est pas encore bien extra-ordinaire.
Encore un autre rameau...

Là, c'est carrément la cata : rien du tout.
Au bilan, une floppée de rameaux chez lesquel il y a une corrélation "bof" ; du 0,5, du 0,7 , parfois 0,8. Et une poignée de rameaux chez lesquel il n'y a vraiment rien.

Et si je regarde l'ensemble des rameaux ?
0,416 Pas grand chose donc ; c'est encore plus proche de 0 que de 1...

Conclusion : pour le modèle statistique qui aurait permit de mesurer les longueurs d'entre-noeuds au lieu des aires de feuilles, c'est rapé. Et j'en ai confirmation : sur reggression simple, je trouve un R de 40%, ce qui signifie que les longueurs d'entre-noeuds ne permettent d'expliquer que 40% de la variabilité des aires de feuilles. Ce n'est pas rien, mais ce n'est pas suffisant pour déboucher sur une application.

Et cela s'explique en fait ; si je vire de l'étude toutes les variations extrèmes d'aire de feuilles et de longueur d'entre-noeuds qui marquent probablement des arrêts de croissance (limite d'UC et cie), je n'explique plus rien de la variabilité des aires de feuilles à l'aide des longueurs d'entre-noeuds.

Ce qui signifie que ce n'est pas parcequ'un entre-noeuds est court que la feuille associée sera petite. Par contre, lorsqu'il y a une limite d'UC, un accident quelconque (mort d'apex par exemple, lorsque le bourgeon terminal, qui fabrique la tige, meurt, et que c'est un autre bourgeon qui reprends le relai) effectivement, on a tendance à trouver un entre-noeud plus court, et une feuille plus petite.

Mais même en sachant cela, c'est un retour à la case départ : on ne distingue pas clairement d'association cohérente entre longueurs d'entre-noeuds et aire de feuille, rien qui permette de trouver à coups sûr des UC.

On aura donc du mal à dater nos feuilles.

Dommage ; cela aurait été pratique : comme le but de la manip est d'étudier la variation saisonnière du deltaC13, on aurait pu analyser uniquement des séries de feuilles formées dans l'année.
Là, on se retrouve obligé de prendre des séries de 10 feuilles sans même savoir si elles n'ont pas été formées durant la même saison, ou sur plusieurs années...
On ne le saura qu'après coups, quand les analyses deltaC13 auront déjà été payé (et c'est pas donné...6 à 7 euros par échantillon).

Pour le Virola, le bilan est grosso-modo le même : pas de corrélation forte entre longueurs d'entre-noeuds et aire de feuilles, et les longueurs d'entre-noeuds ne sont pas un bon marqueur d'UC.
Par contre, les aires de feuilles elles sont un bon marqueur d'UC, et peuvent permettre un diagnostic sur le terrain.
On a donc pas tout perdu ; ça au moins, c'est confirmé : on saura dater relativement nos feuilles de Virola.

Un des points amusants en Science, c'est qu'on a de toute façon jamais perdu : on teste des hypothèses. Que l'hypothèse testée soit confirmée ou infirmée, on a de toute façon appris quelque chose.
Mais cette chose peut ou non déboucher sur une application...
En l'occurence, c'est rapé.

Bon, c'est finalement pas une grande surprise ; cela peut s'expliquer. Si je vire les variations extrèmes d'aire de feuilles qui sont susceptible de marcher des UC,

suite : rameaux de Qualea Rosea

2007-10-23T13:14:00.000-04:00

Même topo, mais petite nuance : le Gonfolo Rose ou Qualea Rosea a des feuilles opposées, ce qui change un peu la structure du programme qui doit s'y adapter en voyant automatiquement si la disposition des feuilles est opposée ou alterne etc...

donc petites photos :

voilà donc le rameau...

Il va falloir un petit seuillage pour le distinguer du fond.

Voilà, comme ça.

Le programme cherche les pétioles, et la tige.

Voilà qui est fait ; il a alors pu calculer l'aire des feuilles.

Et voici les pétioles.

On les regroupe deux par deux pour repérer les noeuds.

Et voilà le travail !

Bilan de l'opération : manuellement, 12 à 25 minutes de mesures par rameau, sans mesurer l'aire des feuilles (seulement leur longueur et leur largeur). Par informatique : 5mn de photo, 1 mn de traitement.

Tout bénef ! ... sauf pour moi, puisque j'ai passé je ne sais combien d'heures à écrire le programme en question et à le débugguer...

Septembre.

2007-10-22T17:20:00.000-04:00

Toutes les petites manips de semptembre...

D'abord, il fallait prélever des feuilles d'individus de 3 espèces (Virola Mickaelii, Qualea Rosea et Eperua Grandifolia) d'arbres pour mesurer leur "deltaC13".
Etant un peu feignant, je vous copie une partie d'un petit récapitulatif, en virant les formules et tout ce qui rentre un peu trop dans le détail :

Le delta C13 résulte d’un équilibre entre l’action de la rubisco qui le discrimine et qui si elle était seule en jeux le fixerait aux alentours de 29‰, et la diffusion du carbone 13 qui si elle était seule limitante fixerait le delta C13 à 4,4‰.
Sa valeur nous renseigne donc sur le caractère limitant de la diffusion du carbone 13, et est ainsi corrélée au WUE qui est défini comme le ratio du taux d’assimilation de CO2 par aire foliaire (A) sur la conductance stomacale pour la vapeur d’eau (gs). Le WUE est utilisé pour rendre compte de l’efficience d’utilisation de l’eau d’une plante.
Cette mesure est réalisée par spectrographie de masse en phase gazeuse d’1mg de feuilles de lumière séchées à 70°C pendant 48h au moins et broyées à 50µm.

Il existe un gradient local de carbone 13, et la composition isotopique de l’air est variable dans le temps. Aussi les hypothèses faites peuvent être sujet à caution ; la signature isotopique des feuilles pourrait dépendre de variables environnementales contrôlables, notamment de l’exposition des feuilles prélevées, et de leur date de mise en place.

On n’échantillonne uniquement des individus à l’ombre, de CP=1 (indice de Dawkins ; 1, c'est pour des arbres complètement sous couverts, qui ne recoivent pas de lumière directe) pour limiter l’effet d’éclairement ; on contrôlera a posteriori l’équivalence de l’exposition entre rameaux prélevés en s’assurant que la variabilité intra série du LMA est supérieure à la variabilité inter série ; les rameaux sont prélevés à hauteur constante sur individus de même taille poussant hors bas-fond.
On échantillonne le long de séries foliaires (âge relatif sur un axe connu)
Pour chaque série on estime une variabilité intra UC et inter UC pour tester l’effet UC
On note systématiquement le rang d’insertion des feuilles prélevées (numérotation basipète). On décrit chaque rameau (longueur des e.n., limite probable d’uc le cas échéant) et les informations de base du plant sur le quel le rameau est prélevé seront notées (position, hauteur, nombre de rameaux/points en croissance, nombre d’étages le cas échéant).

Donc, me voilà en vadrouille pour trouver des rameaux d'individus de ces trois espèces, uniquement à l'ombre, pas dans un bas-fond, sinon pour la variabilité saisonnière c'est fichu (il aurait les pieds dans l'eau toute l'année) donc plutôt en plateau, sur sol sableux...
Il doit avoir un nombre minimum d'UC.
Une unité de croissance est un ensemble de longueur de tige, de feuilles etc... mis en place en une seule fois. Entre deux UC, il y a un arrêt de croissance plus ou moins matérialisé par une cicatrice, un entre-noeuds plus court, une petite paire de feuilles etc...etc...
C'est important, car l'intérêt de prendre plusieurs feuilles dans une même UC est faible si elle est mise en place en une fois par exemple.

Et surtout : hors parcelle, car il est hors de question d'aller massacrerdes jeunes arbres sur les parcelles étudiées... Ca, bien entendu, ça implique d'aller vadrouiller hors des layons...

Donc bis repetita, me voilà en vadrouille à la recherche de trucs quand même plutôt discrêts, que je dois mesurer avant de leur prélever un rameau que je ramène a la maison pour analyse. Peu accompagné bien entendu : c'est les vacances, a part les stagiaires, il n'y a plus grand monde au labo.
C'est l'occasion de faire des rencontres.
Des agoutis, quelques piafs, un serpent corail sur lequel j'ai manqué de marcher, un grage énorme (un serpent également)... autant d'animaux qu'on ne voit pas, ou peu quant on est trop nombreux.

Voilà donc que j'ai ramené mes rameaux, il reste à mesurer scrupuleusement toutes les longueurs d'entre noeuds, les longueurs, largeur, aire de feuilles...
La barbe... répétitif au possible, usant...chiant. Un vrai travail de stagiaire.

Mais j'ai un appareil photo, un trépied, un grand carton...je vais acheter des épingles colorés, du papier millimétré...et je vais faire de la photométrie !
C'est vrai après tout, tellement de choses à mesurer à la suite...alors que sur une photo bien faite, on peut tout faire d'un coups !!

Voilà donc le dispositif :

Les épingles vertes tiennent la tige et les feuilles tendus, les épingles rouges marquent une cicatrice foliaire, et les épingles jaunes sont espacées de 5cm et permettent de remettre le tout à l'échelle en tenant compte de la déformation lié à la photo.
Ensuite, il a fallu écrire un petit programme pour traiter ces images, un programme qui isole les feuilles, les classe et mesure leur aire, trouve les noeuds, et mesure les aires d'entres-noeuds, et rassemble le tout...

Une fois tout cet effort fait, mon maitre de stage a décidé d'en profiter pour voir s'il y a une corrélation entre différents marqueurs d'UC chez Qualea : la longueur des entre-noeuds, et l'aide des feuilles. En plus de nous permettre de repérer avec précision les UC, cela aurait pu servir de base à un modèle calculant l'aire foliaire à partir des longueurs d'entre-noeuds...plus besoin de mesurer les feuilles sur le terrain (ce qui est très fastidieux), une simple mesure de longueur aurait suffit !

Voilà donc les sorties graphiques : sur Virola d'abord ;

Il faut dans un premier temps seuiller l'image. Pas très compliqué... Le programme rebouche les trous des feuilles etc...

Et voilà ; le programme a maintenant extrait le rameau du fond, et l'a redéformé en tenant compte des marqueurs jaunes.

Hop, il a trouvé les pétioles...et quelques parasites qu'il va supprimer.

Voilà les feuilles, et leur aire.

Le rameau...

Le rameau, et ses noeuds...

Le rameau, ses noeuds, et ses longueurs d'entre-noeuds !

Prochainement, le même traitement sur le Qualea Rosea, avec une petite subtilité supplémentaire ; Qualea a des feuilles opposées et non alternes comme Virola...
Et ensuite, les résultats de l'analyse...
Suspense ; les marqueurs d'UC proposés par Sanoja sont-ils bien nets sur ces rameaux de jeunes Qualea ? sont-ils visibles, et cohérents ? Peut-on déduire les surfaces foliaires des longueurs d'entre-noueds ???

Un des layons de Paracou

2007-10-15T09:55:00.000-04:00

Petite vidéo pas très belle, mais je ferais pas mieux ; le layon de sortie d'une parcelle de Paracou avec l'appareil photo en frontale :

Charlot.

2007-10-03T10:24:00.000-04:00

Voici un des locataires du camps de Paracou ; Charlot.

C'est un atèle, ou singe araignée ainsi nommé parcequ'il utilise sa queue comme un 5ième bras.

Il a été recueilli par Pascal Petronelli, botaniste du CIRAD qui vit à Paracou alors qu'il avait quelques mois, sa mère ayant été tuée par des chasseurs.

Il vit depuis sur le camps de Paracou, dans une cage où il a l'air de rentrer également quant il en a envie et dont il a l'air de sortir un peu quant il veut.

Pour le plus grand amusement des visiteurs.

Et le désespoir de ceux qui le cotoyent un peu plus longtemps vu sa tendance à toucher à tout, à pisser partout, et son habilité en matière de vol de nourriture. C'est bien simple ; quant il est là, tout ce qui n'est pas sous nos yeux doit être enfermé...

week-end à Cayenne

2007-08-27T11:41:00.001-04:00

Eclosion de torture luths.

'Line, Emile et moi

Non, vous ne rêvez pas, c'est bien un avant-poste du Mordor en pleine Guyane.

Et oui, même en saison sèche, ça arrive...

Boudinot : le retour.

Impressions (première partie)

2007-08-27T11:21:00.000-04:00

C’est comment la forêt Guyanaise ?
D’abord, très varié, je me limite donc à ce que j’en ai parcouru ; celle de Paracou.
Dans un premier temps, c’est assez curieux : si je n’avais pas gardé un souvenir assez frais de ma journée d’avion, je pourrais oublier que j’ai changé de continent.
Exit les clichés d’enfer vert, ou de cathédrale d’émeraude : la grande verte Guyanaise reste somme toute une bête forêt ; des arbres, quelques lianes, des jeunes arbres, des arbustes, de l’herbe un peu haute…
Ah, tient…un palmier. Et là, encore un autre, qui fait bien 15 mètres de haut, et dont les palmes font plus de deux fois ma taille.

Un arbre qui fait une drôle de courbe ? ah, non, c’est une liane bien plus grosse que mon bras.

Et voilà que ce qui ressemblait à des herbes hautes prend maintenant la forme d’une liane…et que l’une d’entre elle m’a entaillé l’avant-bras alors que je l’avais à peine effleurée…
Ai-je rêvé ? J’ai cru voir une feuille morte se sauver sous mes pas ! Après une petite minute de chasse, la voilà acculée, et il s’avère que c’est un crapaud !

Et ces lianes qui pendent là, bien droites, verticales, en voilà une qui ne touche pas le sol : il s’agit des racines d’épiphytes, des plantes qui poussent accrochée à des arbres, en haut de la canopée…
Et là, on croit croiser une grande cloison de bois ; il s’agit des contreforts d’un kimboto, un énorme arbre.

quelques photos

2007-08-22T16:35:00.000-04:00

Une autre série de photos :

Le camps de Paracou (du moins, un de ses carbets).

Un arbre à contreforts.

Mon maitre de stage, et un kimboto (encore un arbre à contreforts), assez impressionnant. Ceci dit, j'en ai croisé de plus gros encore.

Une passiflore.

Paracou un jour de pluie.

Idem.

Des épiphytes.

Les taches roses, c'est un Couratari en fleur. Pendant sa floraison, le houppier entier devient rose. Désolé pour la qualité : c'est pas facile de photographier un arbre de canopée.

Et depuis tout ce temps ?

2007-08-20T17:46:00.000-04:00

Cela faisait donc 2 mois que je mettais en place mon dispositif.
Cad 2 mois de forêt quasi-quotidienne.

En quoi consiste mon travail ?

En résumé, il s'agit de voir comment différentes espèces d'arbres ( initialement 18, actuellement 9 ) s'adaptent à un environnement lumineux, cad comment un changement d'environnement lumineux, ou un environnement lumineux particulier influence sa croissance, son architecture, certaines propriétés de ses feuilles.

Pour cela, j'ai passé deux mois à parcourir la forêt de Paracou ( principalement les zones de forêt primaire ) pour chercher des jeunes arbres dans un environnement lumineux particulier ( sur une échelle de 1 à 4, 1 pour un individu en milieu fermé, 2 pour un individu recevant de la lumière latéralement, 3 pour un individu recevant de la lumière directe, et 4 pour un individu en pleine lumière, directe et latérale ).

Cela implique de chercher des individus dans des chablis ; là où des arbres sont tombés il y a un an ou plus, ce qui n'est pas évident.

Une fois ces individus trouvés, repérés au GPS et/ou par rapport à un arbre numéroté lorsqu'il y en avait, il fallait le mesurer ( hauteur totale, hauteur de la première branche ou feuille, encombrement du houppier, nombre de branches, de feuilles, niveau de ramification...), marquer l'axe principal, et trois rameaux au niveau de l'apex ( le bourgeon terminal ) et compter les feuilles avant, et après la marque pour pouvoir faire un suivi de la mortalité et cie des feuilles.
Une fois duement "équipé", étiqueté et cie, l'arbre ressemble à ceci :

J'en profiterai prochainement pour vous présenter quelques une de ces espèces.

J'ai donc actuellement repéré et mesuré 600 individus. Il me reste à repasser voir une quarantaine d'entre eux pour refaire des mesures manquantes, ou des points GPS dans les jours qui suivent.

Ensuite, je devrai caractériser l'environnement lumineux de ces jeunes arbres. Pour cela, je vais utiliser un appareil photo muni d'un objectif hémisphérique pour photographier le ciel. Ensuite, un programme localise les portions de ciel sur la photo, et calcule la quantité de rayonnement lumineux reçue depuis l'ensemble au point de prise de la photo.

Ce genre de photo ne peut malheureusement être fait qu'en l'absence du soleil dans le ciel, c'est à dire juste avant son lever, ou juste après son coucher.

La troisième session de terrain aura pour but de prélever des échantillons de feuilles sur plusieurs unités de croissances de chaque individu pour étudier l'évolution dans le temps de certains paramètres (taux d'azote, épaisseur de feuille, delta C13 etc...) après l'ouverture, et leurs variation en fonction de l'environnement lumineux. Ces facteurs mesurés serviront notamment de proxy pour étudier l'efficacité d'utilisation de l'eau par la feuille (ratio transpiration/photosynthèse), la photosynthèse etc...

La dernière session de terrain ( vers la fin du stage ) consistera en un suivi des paramètres mesurés lors de la première session. Je devrais donc les remesurer pour tous les individus.

good news

2007-08-20T17:00:00.000-04:00

Ma première session de terrain étant terminée, je vais avoir plus de temps pour remettre mon blog à jour.

J'ai accumulé une petite floppée de photos à mettre en ligne, et cette fois, je vais faire l'effort d'écrire quelques articles.

Îles du Salut

2007-07-09T17:06:00.000-04:00

Week-end bivouac sur les îles du salut.

Arrivée sous une averse, bien sûr, montage du campement à l'arrache sous la pluie...qui s'est arrêté une fois les bâches accrochées !!

2007-07-09T17:02:00.000-04:00

Pique-nique sur les îles du Salut Dimanche 8

De gauche à droite : Gael, Dimitri, Clément en haut, Emile, Clément en haut, Aurélie devant, moi et Salim.

2007-07-03T15:55:00.000-04:00

2007-07-03T11:08:00.000-04:00

bilan de deux semaines en forêt.

2007-06-27T16:33:00.000-04:00

Flemme de taper beaucoup de texte cette fois ; les photos se suffiront.
Samedi 16/06 :
Petite virée en kayak dans un marais pour voir des caïmans. Caïmans pas farouches d'ailleurs.

Ensuite : jour après jour, ballades en forêt, j'y reviendrais.

Bon, à 2 ou 4 personnes en forêt, on fait un tel barouf que les seuls animaux qu'on peut voir, ce sont des insectes. Pour les Agoutis, les paresseux, les tamarins, jaguars etc... c'est rapé.

Il y a quand même quantité d'insectes beaux, amusants... des superbes papillons aux criquets en forme de feuilles, pour chaque espèce commune en France, il y a ici des dizaines de surprises.

J'avoue, celui-là, il est moche. Mais c'est le seul que j'ai réussi a prendre en photo.

Je bosse pas mal dans des chablis, ce qui me donne de nombreuses occasions de voir le ciel, et la hauteur ( impressionnante ) de la canopé.

Ainsi que des palmiers à épines ( et pas des petites ), les lianes rasoirs qui ressemblent à des bêtes herbes mais qui coupent tellement qu'elles lacèrent jusqu'aux vètements, les termines aussi, moins déplaisante déjà quoi qu'on puisse avoir une mauvaise surprise quant on s'assoit...

C'est plutôt difficile d'y prendre des photos tellement c'est riche ; les mises au point auto en deviennent complètement aléatoires.

Enfin bon, ça vous donne une idée de la chose, non ?

Un peu d'humidité pour couronner le tout...

Mais bon, quant il s'agit de joli torrents, on apprécie.

Encore des photos.

2007-06-14T14:05:00.000-04:00

Mercredi 13, 18h30.

Cette fois-ci, manque de pot la lumière est trop faible.

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Campus Silvolab

2007-06-13T12:59:00.000-04:00

mercredi 13 : tout est fermé, mais bon, j'ai quand même réussi à trouver des piles pour mon appareil photo, donc voilà quelques photos du campus Silvolab ( CIRAD, INRA, CNRS, IRD, ENGREF... ).

Le batiment du CIRAD.

Un arbre acueillant.

Difficile de prendre une photo le midi.

Pour des barbec

Sans commentaires.

Le batiment du GREF.

Premier jour en Guyane !

2007-06-12T13:50:00.000-04:00

Lundi 11/06/07.

Lever 7h, il fait super beau, chaud bien sûr.

Après être arrivé de nuit, je découvre Kourou. Le quartier ne paye pas de mine, mais le campus est vraiment superbe. Je n'avais jamais vu autant d'arbres différents, autant d'oiseaux bizarre...

Il y a des paresseux, des tisserands, des vautours, des sortes de gros rongeurs...

Ma convention vient d'arriver, et n'est pas encore signée par l'IRD et le CIRAD ; je ne peux pas encore commencer à travailler.

Après quelques présentations, je découvre le campus. Les différentes équipes, les différentes institutions ( IRD, CIRAD, INRA, CNRS, ENGREF ) semblent bien plus proches que ce que j'avais pu voir pendant l'INIP, sans doute parcequ'ils travaillent tous sur les mêmes parcelles expérimentales, sur des sujets communs, dans un programme commun...

J'ai mon bureau ( climatisé ), pas encore de connection, et pour l'instant, pas encore les moyens de faire ni de la biblio, ni du terrain.

L'après midi, petit tour a Cayenne pour régler quelques formalités.
Ca y est, ma convention est signée, mes billets d'avions seront remboursés, et je toucherais des indemnités de stage ( que je n'avais pas prévues initialement ).

Mon planning se profile ; j'irais à Paracou lundi pour repérer un peu les lieux.

Vous pouvez m'écrire à l'adresse suivante :
Gabriel HMIMINA, Campus Agronomique BP 316, 97379 Kourou

Ps : à votre avis, comment prélève t'on des échantillons de feuilles sur des individus adultes de 30m de haut ? ( réponse dans quelques jours ).

Arrivée en Guyane

2007-06-12T13:26:00.000-04:00

10/06/07, 20h30 heure locale, soit 1h30 heure Francaise : arrivée en Guyane.
J'ai rencontré Emile, un stagiaire de l'ENGREF qui a déjà travaillé ici.
Première impression plutôt humide : la chaleur et l'humidité sont étouffantes, et à peine avons nous mis un pied hors de l'aéroport qu'il s'est mis à pleuvoir.
DEt quelle pluie...pas une pluie de tempête sous un ciel bourré de nuages etc.
Une pluie régulière, rapide, qui commence sans prévenir, et qui après quelques minutes s'arrête comme elle avait commencé.
J'ai ensuite pu découvrir l'apartement dans lequel nous sommes logés en attendant qu'une place se libère sur le campus Sylvolab ; un appart en pleine ville, juste à coté d'un supermarché, avec cuisine équipée, TV...et climatisation !!